第一章 概述
第二章 自然地理环境
第一节 地质
第二节 地貌的形成及特征
第三节 气候
第四节 水文
第五节 土壤
第六节 植被

第三章 植物多样性
第一节 地衣
第二节 淡水藻类
第三节 大型真菌
第四节 苔藓类植物区系
第五节 苔藓植物垂直分布
第六节 树附生苔藓植物的多样性与分布
第七节 蕨类植物
第八节 草本种子植物
第九节 木本植物
第十节 种子植物基本特征
第十一节 森林群落
第十二节 特有植物从江含笑
第十三节 珍稀濒危及特有植物资源
第十四节 兰科植物资源

第四章 动物多样性
第一节 无脊椎动物
第二节 昆虫
第三节 两栖动物
第四节 爬行动物
第五节 鱼类
第六节 鸟类
第七节 兽类
第八节 动物区系分析

第五章 资源状况
第一节 旅游资源
第二节 森林资源
第三节 主要遗传资源及特点
第四节 药用植物资源
第五节 野生观赏种子植物资源
第六节 森林蔬菜

第六章 社区发展
第一节 社会经济调查情况
第二节 保护区社区共管模式研究
第三节 保护区景观格局分析
第四节 保护区生物多样性受威胁因素
第五节 保护区功能区区划

附录
附录一：植物名录
附录二：动物名录

贵州月亮山林区一直以原始的森林植被，丰富的生态系统与生物多样性就吸引着众多专家学者的关注。2014年9月贵州省林业厅组织贵州省林业科学研究院，贵州大学、贵州师范大学、贵州科学院、贵阳学院、贵州梵净山国家自然保护区、贵州茂兰国家自然保护区等十多个单位的植物、动物、生态、地质、土壤、气象、社会经济、自然保护等有关学科的专家学者，组成贵州月亮山自然保护区科学考察团，开展深入的多学科综合科学考察工作，并据此提供自然保护区建设、发展的决策依据，以及制定切实可行的总体规划和详细的内部区划方案。
《贵州月亮山自然保护区科学考察研究》系这一地区自然综合科学考察的研究报告。

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巍巍苗岭，神秘月亮山。
月亮山、太阳山是与雷公山齐名的苗岭名山，境内森林茂密，沟壑纵横，生境复杂多样，植物区系起源古老。由于闭塞偏远，交通不便，疏于开发，加之人口较少，因此，在以月亮山为主的周边地区至今还保留着大面积的原始常绿落叶阔叶混交林。长期以来，月亮山原始的森林植被、完整的生态系统、丰富的生物多样性、离奇的“野人”传说、原生态的民族风情，吸引着社会各界的目光。
1962年，西南综考队曾到月亮山林区作过调查，认为该区森林植被茂盛，生物资源丰富，并且是一个处于相对平衡状态的森林生态系统。1989年，贵州省林业厅（现为“贵州省林业局”，下同）邀请省内大专院校、科研单位以及林业系统内部单位的52名专家、学者和科技人员，组织了含15个专业调查组的综合考察团，对南抵荔波县五狼坡，东至从江县污虽，北抵榕江县上拉力，西抵三都县茅坪，总面积约110.25krri2的月亮山林区进行了为期20天的野外考察，完成了16份专题报告，并出版《月亮山林区科学考察集》。这次科考对当时的月亮山林区作出这样的评价：历史上曾是一块茂密的原始林区，生物物种较丰富，有濒危物种、新分布物种，但林区生境状况已在局部地段有恶化趋势，居民生活贫困，文化落后。建议以月亮山和太阳山为中心，建设为水源涵养林保护区。
2003年，黔东南自治州政府批准成立了榕江月亮山州级自然保护区和从江月亮山州级自然保护区。其中从江月亮山州级自然保护区总面积33.6万亩，保护区类型为森林生态型，主要保护对象为马尾松、猕猴及森林植被；榕江月亮山州级保护区总面积49.3万亩，保护区类型为森林生态型，主要保护对象为樟科、壳斗科、木兰科等常绿阔叶林。