荷据时期（1624-1662年）
第一章荷兰侵占台湾
台湾地处我国东南沿海，北邻日本，南接菲律宾群岛，东向太平洋，西隔台湾海峡与福建相望，是西太平洋上的重要岛屿。
台湾自古以来就是中国的领土。早在一万多年至三万多年前的更新世晚期，台湾还与大陆连在一起。其时，台湾早期古人类左镇人可能就是经过长途跋涉从大陆而入台湾的。台湾的大岔坑、圆山等早期古文化遗址的研究表明：最迟在新石器时代晚期，福建与台湾的先民之间就已相互往来。三国时期，吴国孙权曾遣将军卫温、诸葛直率“甲士万人浮海求夷洲”，史学界一般认为，夷洲即今天的台湾。隋朝时称台湾为流求。大业六年（610年），隋将陈棱曾率军抵达台湾，“流求人初见船舰，以为商旅，往往诣军中贸易”，说明此时台湾已与大陆有了一定的贸易往来。宋元时期，台湾与大陆联系更为密切，南宋乾道七年（1171年），泉州知府汪大猷为加强海防，“建屋二百间，遣将分屯”，这是我国大陆政权第一次正式在台湾地区驻军。元时更在澎湖设巡检司，“以周岁额办盐课中统钱钞一十锭二十五两，别无科差”，首次将台湾划归我国行政机构管理。明初，太祖朱元璋为稳固其封建统治，实行严厉的海禁政策，“尽徙屿民，废巡司而墟其地”。从此，台澎地区防务空虚，留下了后来海盗日聚的隐患。荷兰殖民主义者正是在这一背景下入侵台湾。
……

从“手术刀”到“出头天”（代前言）
荷据时期（1624—1662年）
第一章 荷兰侵占台湾
第一节 荷据前的台湾社会
第二节 荷兰侵占台湾及其殖民统治
一、荷兰侵占台湾
二、荷兰在台湾的殖民统治
第二章 荷据时期的台湾基督教
第一节 新教在台湾的传播
一、开创时期（1624—1635年）
二、急速发展时期（1635—1640年）
三、缓慢发展时期（1641—1650年）
四、衰落和终结时期（1651—1662年）
第二节 新教在台湾的教化事业
一、学校创办及师资
二、教学内容及奖励措施
三、教化效果
第三节 荷兰在台传教事业失败原因探析
第四节 基督教对台湾社会的影响

清统治时期（1858—1895年）
第三章 清代台湾的社会变迁
第一节 东南沿海的移民浪潮和台湾社会的发展
一、东南沿海的移民浪潮
二、台湾社会的变化
第二节 西方列强侵入台湾
第四章 英国长老会在台湾的传播
第一节 早期的传教活动
一、打狗教区的建立
二、在南部及中部的原住民中传教
三、嘉义的开教
第二节 巩固与扩展时期
一、教会的教育事业
二、教会组织的扩充
三、传教活动
第五章 加拿大长老会在台湾的传播
第一节 马偕牧师赴台传教
一、来台前的马偕牧师
二、马偕牧师赴台传教
第二节 马偕牧师的巡回传教
一、淡水开教
二、艋舺、噶玛兰和奇菜地方的传教
三、中法战争间的台湾北部教会
第三节 本地传道人员的培养
一、理学堂大书院
二、淡水女学堂
第四节 马偕牧师的传教方法
一、医疗传教
二、唱圣歌传教
三、利用传播自然知识传教
四、结合中国传统习俗传教
第六章 长老会在台湾的医疗传教事业
第一节 “手术刀”与“十字架”
第二节 “病人”与“教徒”
第七章 清季台湾教案
第一节 前期民教冲突（1859—1868年）
一、民教冲突案例(1859—1867年)
二、同治七年（1868年）台湾中外纠纷
第二节 后期台湾教案（1874—1895年）
一、同治十三年（1874年）嘉义白水溪教案
二、光绪元年（1875年）新店教案
三、光绪二年（1876年）三重埔教案
……
日据时期（1895—1945年）
战后时期（1945—2001年）

《台湾基督教史》主要分为以下几个部分：荷据时期（1624年—1662年）、清朝统治时期（1858年—1895年）、日据时期（1895年—1945年）、战后时期（1945年—2001年），以及作为附录部分的台湾基督教大事记等相关内容。
《台湾基督教史》以时间顺序为经，以重大事件为纬，在详实、准确记录台湾基督教历史的同时，也客观反映祖国大陆与台湾不可分割的历史渊源与民族情感，是一部集学术价值和社会价值于一身的佳作。

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